Spesies penyu laut di Kawasan Taman Nasional Taka Bonerate, terdiri atas empat jenis yaitu Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata), Penyu Lekang (Lepidochelys olivacea), Penyu Tempayan (Careta careta) dan Penyu Hijau (Chelonia mydas). • Ancaman utama pelestarian penyu di Taman Nasional Taka Bonerate adalah adanya penangkapan dan pengambilan telur penyu oleh nelayan baik yang berasal dari dalam maupun dari luar kawasan. Rusaknya habitat atau lokasi peneluran penyu akibat abrasi pantai, gangguan habitat atau lokasi tempat makan penyu karena penggunaan bahan kimia bius/potas dan bahan peledak.